कई स्थितियों में चिकित्सा में उपयोग किया जाता है। अधिक विशेष रूप से, मिसोप्रोस्टोल गैस्ट्रोइंटेस्टाइनल म्यूकोसा (साइटोप्रोटेक्टिव गतिविधि) को नुकसान पहुंचाने या रोकने के लिए उपयोग की जाने वाली दवाओं की संरचना में शामिल है और - उचित खुराक पर - स्त्री रोग क्षेत्र में उपयोग की जाने वाली दवाओं की संरचना में बच्चे के जन्म या गर्भपात के लिए। ये विभिन्न उपयोग संभव हैं क्योंकि प्रोस्टाग्लैंडीन जिसमें मिसोप्रोस्टोल सिंथेटिक एनालॉग का प्रतिनिधित्व करता है, जीव के विभिन्न अंगों और ऊतकों की ओर कई गतिविधियों को करने में सक्षम है।
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गैस्ट्रोइंटेस्टाइनल म्यूकोसा की रक्षा के लिए उपयोग की जाने वाली मिसोप्रोस्टोल युक्त दवाएं एक गैर-दोहराए जाने योग्य चिकित्सा नुस्खे (आरएनआर) की प्रस्तुति पर डिस्पेंसेबल हैं; जबकि स्त्री रोग में उपयोग की जाने वाली मिसोप्रोस्टोल-आधारित दवाएं केवल अस्पताल में उपयोग के लिए हैं और जनता को नहीं दी जा सकती हैं।
